利用生物信息技术分析喉癌的关键基因

• 作者: 董周威 王启威 张丽萍 林丽红 徐丹
• 来源期刊: 医学研究杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 喉癌 生信分析 关键基因 差异分析
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 97-103
• 页数: 7页
• 分类号: R76
• 语种: 中文
• DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2021.01.021

摘要

目的 利用生物信息技术探讨喉癌的发生机制,寻找用于喉癌诊断和治疗的关键基因.方法 本研究从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE51985和GSE59102,筛选差异表达基因,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,使用STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),并利用Cytoscape进行了模块分析,筛选关键基因.然后用Oncomine数据库对关键基因进行泛癌分析,从癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载喉癌相关基因表达数据和临床资料,对关键基因进行基因表达差异和生存分析.结果 共筛选出差异基因218个.KEGG途径分析显示,差异基因主要富集于唾液分泌、ECM受体相互作用、细胞周期等途径.利用Cystoscape软件筛选关键基因,筛选出CHEK1、SERPINE1、SPP1、COL1A1、FOXM1、MMP9、CXCL12和MMP1共8个基因为关键基因.将关键基因输入GEPIA数据库寻找相似基因,将所有基因输入Metascape进行富集分析,主要富集于细胞外组织结构、PID整合素1途径、有丝分裂染色体分离等.利用TCGA数据库数据进行关键基因在喉癌组织与正常组织表达差异分析,8个关键基因差异均有统计学意义,在生存分析中,笔者发现COL1A1和MMP1的表达与喉癌总生存率显著相关.结论 本研究中发现的差异基因和关键基因有助于深入了解喉癌发生、发展的分子机制,为喉癌的诊断和治疗提供新的候选靶点.