基于PacBio Iso-Seq红棕象甲全长转录组测序分析

• 作者: 杨红军 胡佳萌 王治博 徐丹萍 卓志航
• 来源期刊: 应用昆虫学报
• 关键词: 红棕象甲 转录组 基因组注释 高通量测序
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research Articles
• 页码范围: 655-663
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.7679/j.issn.2095-1353.2021.066

摘要

[目的]建立红棕象甲Rhynchophorus ferrugineus全长转录组数据库,深入挖掘红棕象甲基因数据信息.[方法]采用高通量测序平台,利用二代测序(Illumina RNA-seq)校正三代测序(PacBio Iso-Seq)的方法对红棕象甲进行全长转录组测序,并对转录组数据进行生物信息学分析.[结果]红棕象甲全长转录组平均长度为2 302 bp,N90长度为1321 bp,N50长度为2 785 bp;经CD-Hit程序去冗余,获得转录本63 801条,主要长度范围为0.5-6 k.基因功能注释表明,在NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO、NT和Pfam数据库中,分别有50 280、40 109、47 197、33 511、27 707、27 253和27 707条转录本被注释;其中,12 508条转录本均在7个数据库中有注释,54 999条转录本至少在一个数据库有注释.此外,经鉴定或预测,获得2 184个可变剪接(AS)、66 230个SSR、2 084个转录因子(TFs)和9 618条长链非编码RNA(LncRNA).CDS长度的主要分布范围为0-2 500 nt.[结论]本研究获得了红棕象甲全长转录组数据库,为红棕象甲后续分子生物学基础研究奠定基础.