基于转录组测序分析鹅毛早期形态发育差异机制

• 作者: 马雪惠 胡雪文 李绍梅 刘安芳 牟春燕
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 鹅 皮肤 初级羽囊 转录组 形态差异
• 年，卷（期）: 2024,（3）
• 所属期刊栏目: 专题：转录组测序
• 页码范围: 75-83
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

【目的】探究调控鹅胚胎期不同部位初级羽囊早期形态发生差异的关键候选基因，为进一步揭示影响鹅不同部位羽毛形态发生的调控机制提供理论参考。【方法】采集鹅胚胎期初级羽囊早期背部和腹部皮肤组织样品进行组织切片制备和H&E染色，观察初级羽囊在2个部位的形态学差异；选取处于初级羽囊早期背部和腹部皮肤组织样品各3个，纯化RNA并进行转录组测序和生物信息学分析，筛选得到2个组织的差异表达基因（DEGs）。【结果】观察皮肤组织形态学发现背部初级羽囊原基的直径大于腹部，而密度小于腹部；基于背部和腹部皮肤组织转录组筛选DEGs共702个，筛选阈值为|log2Fold Change|≥1(P<0.05)，包括337个上调和365个下调DEGs；采用实时荧光定量PCR验证挑选的4个基因，其结果显示与转录组数据表达趋势一致；对DEGs进行KEGG通路分析，富集到WNT和TGF-β等信号通路，挑选的GREM1、SMOC1、SFRP4和CRABP1等4个基因，推测是调控鹅胚胎期背部和腹部初级羽囊原基形态差异的关键候选基因。【结论】通过对鹅胚胎期背部和腹部皮肤组织进行形态学和转录组分析表明，背部初级羽囊原基直径大于腹部，而密度小于腹部，且有效筛选出影响初级羽囊原基形态差异的关键基因，可为进一步阐述影响鹅不同部位羽毛形态差异的分子机制和调控网络打下基础。