转录组测序筛选牛卵泡发育相关基因及其表达差异分析

• 作者: 吕丽华 孟金柱 景炅婕 朱芷葳 李鹏飞 毕锡麟 王锴
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 牛 卵泡 转录组 PDF1 PDF2 发育
• 年，卷（期）: 2018,（15）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 3000-3008
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.15.015

摘要

[目的]通过不同生理状态牛卵泡高通量测序筛选与卵泡发育相关的基因.[方法]母牛同期发情后,B超声波连续监测并适时采集第一卵泡波出现偏差前的最大卵泡(the largest follicle at predeviation,PDF1)和第二大卵泡(the second largest follicle at predeviation,PDF2),构建RNA文库后Illumina平台测序,经数据库比对,设定参数筛选高表达基因、差异表达基因并进行GO分析,Genecards基因功能查询进一步筛选与卵泡发育直接相关的调控基因,qRT-PCR对筛选的基因进行表达量验证分析.[结果]两个转录本中共获得263个差异表达基因;GO功能聚类分析共分为三大类90组:其中生物学过程占64.4％,细胞组分占17.8％,分子功能占17.8％;获得一些重要的功能富集通路,如调控信号转导和细胞因子应答的生物途径;基因表达量分析筛选出10个高表达的上调和下调基因,获得参与雌激素合成和胎儿性别发育的CYP17A1、参与类固醇激素合成的LOC785462、细胞发育过程中调节细胞凋亡的DACH1以及调节ERK和MEK1/2信号通路的MAP3K3. Genecards功能查询共获得6个基因与卵泡发育关系较为密切,其中上调基因分别为PRSS35,PTGRF,ARID4B,GPR116;下调基因为APOA1和CPXM1;qRT-PCR结果显示,PRSS35和ARID4B在DF中的表达量显著高于SF(P＜0.05),CPXM1在SF中的表达量极显著高于DF(P＜0.01),PTGRF,GPR116和APOA1在DF和SF中的表达量不存在显著差异(P＞0.05),但其表达变化趋势与高通量测序结果相一致.[结论]转录组测序结果真实可靠,PRSS35和ARID4B在卵泡发育过程中发挥正调控作用,CPXM1在卵泡发育过程中发挥负调控作用,获得的牛卵泡发育相关基因和重要调节途径,对后期深入探讨卵泡发育调控机理的研究具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕丽华	山西农业大学动物科技学院	67	172	7.0	8.0
2	朱芷葳	山西农业大学生命科学学院	54	223	7.0	13.0
3	李鹏飞	山西农业大学生命科学学院	65	175	7.0	9.0
4	孟金柱	铜仁学院乌江学院	29	16	3.0	3.0
5	景炅婕	山西农业大学动物科技学院	23	51	5.0	5.0
6	王锴	山西农业大学动物科技学院	11	17	3.0	3.0
7	毕锡麟	山西农业大学动物科技学院	10	17	3.0	3.0