PDF2和ODF1转录组测序筛选牛卵泡发育相关基因

• 作者: 吕丽华 孟金柱 朱芷葳 李鹏飞 毕锡麟 王锴 郝庆玲
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牛 转录组 卵泡 发育 基因
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 300-309
• 页数: 10页
• 分类号: S823.2
• 字数: 3846字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.02.009

摘要

旨在筛选牛卵泡发育相关基因及其表达模式.本研究选取9头青年母牛,同期发情处理后,采集卵泡波中出现偏差前的小卵泡PDF2(The small follicle at onset of predeviation)和出现偏差后的最大卵泡ODF1 (The largest follicle at onset of deviation),分离颗粒细胞(Granulesa cells,GCs),提取总RNA,并进行转录组测序;经牛RefSeq数据库搜索和差异表达基因筛选,进行GO (Gene ontology)分析;随机选择5个基因(MAPK13、CYP19A1、GREB1、SERPINE2、GSTA5)进行qRT-PCR表达量验证分析.结果表明:PDF2和ODF1转录组中共获得RPKM(The reads per kilobase per million reads)值≥0.5的表达基因15 413个,其中表达差异倍数(Fold change)≥2的差异表达基因共651个;对651个差异表达基因进行GO分析表明,参与生物过程(Biological process,BP)的基因占41.66％,分子功能(Molecular function,MF)占17.24％,细胞组分(Cellular component,CC)占41.10％;GO分析结合Genecards基因功能查询,共筛选出13个下调基因和17个上调基因与牛卵泡发育直接相关;CYP19A1、GREB1、SERPINE2在优势卵泡(Donminant follicles,DF)的表达量极显著高于从属卵泡(Subordinate follicle,SF) (P＜0.01),MAPK13在SF表达量极显著高于DF(P＜0.01),GSTA5在SF表达量显著高于DF(P＜0.05).5个基因差异表达趋势与转录组测序结果完全相符,也进一步证明了转录组测序结果的可信度,为深入探讨基因调控牛卵泡发育奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕丽华	山西农业大学动物科技学院	67	172	7.0	8.0
2	朱芷葳	山西农业大学生命科学学院	54	223	7.0	13.0
3	李鹏飞	山西农业大学生命科学学院	65	175	7.0	9.0
4	孟金柱	铜仁学院乌江学院	29	16	3.0	3.0
5	郝庆玲	山西农业大学生命科学学院	10	11	2.0	2.0
6	王锴	山西农业大学动物科技学院	11	17	3.0	3.0
7	毕锡麟	山西农业大学动物科技学院	10	17	3.0	3.0