东北林蛙抗菌肽dybowskin-1ST的结构预测及生物学活性分析

• 作者: 刘悦 邵学超 王天添 王鑫莹 李南 赵云冬 夏薇 孙丽媛
• 来源期刊: 生物工程学报
• 关键词: 林蛙 抗菌肽 生物信息学 伤口愈合 抑菌作用
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 医药生物技术|Pharmaceutical Biotechnology
• 页码范围: 2890-2902
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13345/j.cjb.200564

摘要

运用生物信息学方法进行东北林蛙抗菌肽dybowskin-1 ST的进化、结构及抗原表位预测,分析其抑菌机理及结构性质,应用小鼠伤口愈合实验及体外抑菌实验进行活性验证.同时为改良亲本肽、进行新型衍生肽的研发提供理论基础.使用软件MEGA X对dybowskin-1 ST及其他蛙类抗菌肽进行同源性比对并绘制系统进化树;通过在线软件ProtParam、 ProtScale、PeptideCutter、SignalP、TMHMM Server分别预测抗菌肽dybowskin-1 ST的理化参数、亲/疏水性、剪切位点、信号肽及跨膜区域;分别应用SOPMA、Jpred4及DNAstar Protean软件多重分析预测dybowskin-1 ST的二级结构,利用SWISS-MODEL和I-TASSER软件进行三级结构预测.通过在线软件ABCpred和SYFPEITHI进行T/B抗原表位预测.构建小鼠伤口模型,观察dybowskin-1 ST促进伤口愈合活性.应用纸片法及96孔板法,确定dybowskin-1 ST的抑菌活性.抗菌肽dybowskin-1 ST含有59个氨基酸,其中亮氨酸占16.9％,分子式为C318Hs10N80O93S2,理论等电点为5.10,电荷量为-2.抗菌肽dybowskin-1 ST与东北林蛙抗菌肽dybowskin-1CDYa亲缘较近.三种方法二级结构预测结果相似,dybowskin-1 ST中α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲,所占比例分别为44.07％、16.95％、3.39％、35.39％.三级结构预测中显示该抗菌肽大部分为α-螺旋结构,抗菌肽dybowskin-1 ST总体预测为亲水性蛋白,具有信号肽序列.亚细胞定位分析显示,其分泌线粒体靶向肽的可能性为0.944.该蛋白属于膜外蛋白,无跨膜结构区,有7个磷酸化位点,3个T细胞抗原表位和8个B细胞抗原表位.dybowskin-1ST具有促进伤口愈合的作用,能够有效抑制大肠杆菌和金黄色葡萄球菌活性,但对真菌及耐药菌的抑菌活性有限.dybowskin-1 ST结构中虽富含α-螺旋,但验证实验表明其抑菌能力仍有待加强,原因可能是由于其带负电荷且为亲水性蛋白,以提高正电荷数及改变疏水性为基本思路进行氨基酸改造可获得活性升级的衍生肽.