融合多种拓扑信息的生物网络比对算法

• 作者: 刘晓 陈璟
• 来源期刊: 小型微型计算机系统
• 关键词: 网络比对 相关值 特征向量中心性 保守边
• 年，卷（期）: 2021,（10）
• 所属期刊栏目: 计算机网络与信息安全|Computer Network and Information Security
• 页码范围: 2173-2177
• 页数: 5页
• 分类号: TP393
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-1220.2021.10.026

摘要

针对使用单一拓扑信息进行生物网络比对,难以提高比对质量的问题,本文提出了3种拓扑度量方法用于网络比对,以提高比对质量.主要工作分为3个部分:1)首次提出了相关值的概念,用以衡量同一网络中结点间的相似性;2)为了更充分地挖掘不同网络结点间的相似性信息,提出了一种基于特征向量中心性的拓扑得分计算方法,并将其应用于模块内比对阶段得分函数的构造;3)考虑到网络的模块化性质,引入了保守边,以便能最大限度的获取不同网络模块间的边保守信息.通过对Iso-Base数据库中的6个物种对进行实验,结果表明,本文算法ECAlign获得了更高拓扑质量的比对,同时与现有的其他方法相比,本文方法的综合表现最好.