基因表达联合甲基化分析探索肝癌肿瘤标志物

• 作者: 陈慧 郭亚男 余祖江
• 来源期刊: 河南医学研究
• 关键词: 肝癌 肿瘤标志物 RBM15B 甲基化 基因表达
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 775-779
• 页数: 5页
• 分类号: R735.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-437X.2021.05.003

摘要

目的 通过基因表达联合DNA甲基化分析,寻找潜在的肝癌肿瘤标志物,并验证其临床应用价值.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载原发性肝癌基因表达数据和启动子甲基化数据,并将甲基化谱与基因表达谱进行匹配.筛选出癌与癌旁组织中表达水平有差异的基因和启动子甲基化基因,进一步筛选出低启动子甲基化高表达基因(EI)和高启动子甲基化低表达基因(ES).将EI和ES基因与人类蛋白互作网络整合,构建EI/ES互作子网,从中挖掘潜在的肝癌肿瘤标志物.利用多个公共数据库资料和组织芯片技术验证其表达差异及预后评估价值.结果 基因表达联合甲基化分析筛选出潜在的肝癌肿瘤标志物RBM15B.TCGA、LIRIJP和大多数GEO数据库资料经分析显示,肝癌组织RBM15B mRNA表达水平高于癌旁组织(P<0.05),RBM15B mRNA高表达组总生存时间(P=0.005)和无进展生存时间(P<0.001)均短于低表达组,TNM3～4组RAM15B mRNA表达水平高于TNM 1～2组(P=0.008).HCC组织芯片分析结果显示,癌组织中RBM15B蛋白表达水平高于癌旁组织(P<0.001).结论 RBM15B为肝癌潜在的肿瘤标志物,其高表达提示不良预后.