分子对接对人结直肠癌HLA-A * 2402限制性抗原肽亲和力的预测作用

• 作者: 朱影 高岚岚 施燕飞 葛钻敏 苏萌 黄常新
• 来源期刊: 中国卫生检验杂志
• 关键词: 结直肠癌 抗原多肽 人类白细胞抗原Ⅰ类分子 分子对接 亲和力预测
• 年，卷（期）: 2021,（13）
• 所属期刊栏目: 论著|Original Articles
• 页码范围: 1537-1541
• 页数: 5页
• 分类号: R735.3
• 语种: 中文

摘要

目的 验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性.方法 用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A * 2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A * 2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性.结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A * 2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具有较好的预测作用.多肽的体外亲和力、CTL活化比例与对接结合能值呈显著相关性.结论 抗原肽的锚定基序、分子间作用有望成为筛选结直肠癌抗原疫苗的特征,协助设定更合理的亲和力预测阈值.