eRNA AP003469.2与肝细胞癌患者预后的相关性分析

• 作者: 李丹秀 何阳菘 程浩 庞茂桂 叶小妮 安广洲 周云 卢瑗瑗 赵晓迪 王新
• 学科: 医学
• 关键词: 肝细胞癌 增强子RNA AP003469.2 生物信息学
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 128-137
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13267/j.cnki.syzlzz.2022.022

摘要

目的 通过癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）数据库筛选肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）中关键的增强子 RNA（enhancer RNA，eRNA），探究其作为 HCC 预后分子和治疗靶点的潜力。方法 从 TCGA 数据库中检索下载 33 种癌症类型的基因表达 RNA-seq 配置文件，应用 Kaplan-Meier 生存分析和 Spearman 相关分析筛选与 HCC 患者生存相关的 eRNA 和靶基因。评估目的 eRNA 与临床特征的相关性。进行基因集富集分析以研究目的 eRNA 潜在的生物学功能。在 HCC 细胞株 Hep 3B 中分别构建 AP003469.2 和靶基因酪氨酸 / 色氨酸羟化酶激活蛋白 ζ（tyrosine and tryptophan hydroxylase activators zeta，YWHAZ）功能缺失细胞模型，定量实时 PCR 检测 AP003469.2 敲低后对 YWHAZ 表达的影响。应用体外增殖实验和 transwell 实验探究 AP003469.2 和 YWHAZ 敲低对细胞增殖和迁移、侵袭能力的影响。在泛癌中验证目的 eRNA 在其他癌种中的预后潜能。结果 在 HCC 中，AP003469.2 和靶基因 YWHAZ 与患者不良预后相关，且 AP003469.2 的表达在患者的组织病理学分级、AJCC 分期和 T 分期方面，差异均具有统计学意义（均 P<0.05）。基因和通路富集分析结果显示，AP003469.2 与参与中性粒细胞脱颗粒、中性粒细胞活化、细胞外基质降解、细胞骨架蛋白重构、细胞伪足和细胞黏附等生物学行为的分子和调控通路相关 ；进一步分析发现，AP003469.2 可能通过中性粒细胞细胞陷阱和细胞伪足调控 HCC 的发生和发展。定量实时 PCR 实验证实 AP003469.2 对靶基因 YWHAZ 转录的促进作用（P<0.05）。CCK-8 和 transwell 实验表明，AP003469.2 和 YWHAZ 敲低均可抑制 HCC 细胞株 Hep 3B 的增殖、迁移和侵袭能力（均 P<0.01）。结论 AP003469.2 可能是 HCC 中的关键 eRNA，有潜力成为 HCC 早期诊断和预后的标志物和治疗靶点。