简单回归尺度转换实现半滑舌鳎性逆转基因的高效定位

• 作者: 黄岩 宋禹昕 蒋丽 杨润清
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 全基因组关联分析 半滑舌鳎 性逆转 主成分 尺度转换 简单回归模型 广义线性回归模型
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 245-251
• 页数: 7页
• 分类号: S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.12264/JFSC2021-0231

摘要

在间断性状全基因组关联分析中,当基因组数据存在复杂群体分层时,广义线性模型需要同时考虑上百个协变量,其求解速度会大大下降而且还会产生异常解.本研究目的是把简单回归结果中显著位点的效应值和遗传力的尺度转化为可解释的广义线性回归结果.首先对亲缘关系矩阵进行谱分解,特征向量作为主成分(PC),矫正间断性状中的群体分层;再求解每一个主成分的回归系数,并将众多协变量与其各自的回归系数相乘,得到的乘积合并为一个新的协变量;然后将它作为简单回归的协变量,逐个对标记进行关联检验;最后对筛选获得的候选数量性状核苷酸(QTN)进行广义线性模型回归分析,将效应和方差转化为广义线性回归模型尺度.采用本研究提出的方法与直接考虑主成分的广义线性回归模型,分别对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)的性逆转性状进行全基因组关联分析,结果表明,本研究方法的QTN检测效率更高,共检测出6个QTN,其中5个QTN位于Z染色体上,1个QTN位于W染色体上,并且在基因组控制方面,本研究方法的基因组控制值与直接考虑PC的广义线性回归模型的基因组控制值相同,均为1.01,处于较优水平.结论认为,基于主成分分析的简单回归尺度转换方法能够在保证准确率的情况下提升QTN的检测效率,实现间断性状快速稳健的全基因组关联分析,同时检测出的QTN能为半滑舌鳎性逆转性状的研究提供理论指导.