10株铜绿假单胞菌的全基因组序列分析

• 作者: 王春娥 石继春 徐潇 梁丽 刘茹凤 李康 陈驰 龙新星 叶强 徐颖华
• 来源期刊: 微生物学免疫学进展
• 学科: 医学
• 关键词: 铜绿假单胞菌 全基因组测序 耐药基因 毒力基因 核心基因组
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 46-52
• 页数: 7页
• 分类号: R446.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13309/j.cnki.pmi.2022.01.008

摘要

目的 了解不同分离来源铜绿假单胞菌的全基因组基本特征,以此分析基因组多态性及其遗传进化关系.方法 选择10株医源性和食源性来源的铜绿假单胞菌代表性菌株,应用Solexa高通量测序技术对其进行全基因组测序,以此进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST),比较各菌株基因组中携带的耐药基因、毒力基因及插入序列(insertion sequence,IS)元件,并通过比较基因组学分析方法拟合泛基因组和核心基因组积累曲线,筛选核心基因SNP构建系统发育分子进化树.结果 10株菌的基因组从6.3～7.0 Mbp大小不一,包含5 868～6 598个基因,平均G+C含量为67.1％;发现10个菌株各具不同的ST型.在这10个菌株的基因组中,共检测到75种耐药基因,包括抗β-内酰胺酶类、抗氨基糖苷类、抗氟喹诺酮类等;共发现188种毒力基因,不同来源菌株间无明显差异;各菌株之间IS元件种类和数量差异较大.分析发现,铜绿假单胞菌具有开放型泛基因组和稳定型核心基因组;10株菌可分为3个进化分支,且不同分离时间和来源无明显相关性.结论 本研究获得10株不同分离来源的铜绿假单胞菌的全基因组序列,初步证实食品及患者分离来源菌株基因组数据无明显相关性,为后续铜绿假单胞菌的分子流行病学和致病性机制研究提供数据参考.