微生物操作分类单元划分算法研究

• 作者: 卫泽刚 侯一凡 张小丹 刘飞 钱郁
• 来源期刊: 宝鸡文理学院学报（自然科学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 聚类 操作分类单元 微生物 生物序列
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 页码范围: 80-88
• 页数: 9页
• 分类号: R318
• 语种: 中文
• DOI: 10.13467/j.cnki.jbuns.2022.01.013

摘要

目的 针对大规模16S rRNA基因序列聚类问题,对目前一些常见的OTUs划分算法,从不同数据集及多种评价指标方面进行比较研究.方法 在模拟数据集与真实数据集上,对现有12种经典OTUs划分算法进行了定量对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 对于同一个方法,不同数据集对聚类结果有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,只有少数方法(如CD-HIT,USEARCH,VSEARCH和DBH)可以处理大数据及长序列数据.