高通量二代测序技术在病毒性肝癌HBV-DNA与宿主基因整合位点研究中的应用

• 作者: 麦庆锋 张润玲 曾君 吴梓坤 程欢 吴英松 吴意
• 来源期刊: 热带医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 高通量 二代测序技术 乙型肝炎病毒 肝癌 基因整合位点
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 实验研究论著|Experiment Research
• 页码范围: 154-159,183
• 页数: 7页
• 分类号: R735.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-3619.2022.02.003

摘要

目的 运用高通量二代测序技术(NGS)捕获病毒性肝癌组织中乙型肝炎病毒(HBV)DNA与宿主基因整合位点,为临床疾病诊断治疗提供可靠的依据.方法 采用高通量二代测序技术对5例原发性病毒性肝癌组织DNA进行全基因组测序,使用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)和Picard-tools生物信息学软件,采用BWA-MEM比对方法进行数据处理和分析,从宿主基因组DNA序列中筛选出HBV基因的整合位点.结果 5个样品共发现3 513 454个单核苷酸多态性(SNP)、838 846个插入缺失标记(InDel)、平均1 965个结构变异(SV)和3 639个拷贝数变异(CNV),其中SNP 99.48％出现在dbSNP数据库里,95.26％在千人基因组计划的数据库中,新发现的SNP有17 768个;InDel 93.80％出现在dbSNP数据库里,54.23％在千人基因组计划的数据库中,新发现的InDel有51 307个;SV平均包括0个插入变异、690个缺失变异、257个倒位变异、762个染色体内易位变异和255个染色体间易位变异.结论 HBV-DNA与宿主基因整合位点具有随机性,且插入的核苷酸片断大小不一,导致宿主肝细胞基因组发生突变、缺失和插入等结构变异而产生致癌作用.