二代测序与分子克隆测序技术在HBV X基因准种变异研究中的应用及差异分析

• 作者: 任静静 吴杭航 方向 肖潺潺 邓伟
• 来源期刊: 中国癌症防治杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 乙型肝炎病毒 准种 二代测序 克隆测序 肝细胞癌
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 133-138
• 页数: 6页
• 分类号: R512.62
• 字数: 4316字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-5671.2017.02.10

摘要

目的 比较二代测序(next-generation sequencing,NGS)和克隆测序(clone-based sequencing,CBS)两种方法检测乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)X基因准种变异位点的差异.方法 在广西肝癌高危人群队列中选择发展成肝癌的病例(A)和无癌的对照(B)各1例为研究对象.自研究对象进入队列起,每半年采集外周血液5 mL,分离血清备用,直至病例A肝癌发病,共收集研究对象血清12份.提取血清HBV DNA并采用巢式PCR法扩增HBV X基因区.PCR产物同时采用NGS和CBS两种方法检测HBV X基因区核苷酸序列,对两种方法获得的突变位点进行比较分析.结果 NGS共检测到HBV X基因区准种40个变异位点和1段插入突变(nt 1649),CBS共检测到41个变异位点和1段插入突变(nt1672～1673).两种方法同时检测到的变异位点有29个,NGS检测到而CBS未检测到的变异位点有11个,NGS未检测到而CBS检测到的变异位点有12个.NGS和CBS两种方法均发现在肝病的进展中突变位点发生波动.结论 在研究HBV碱基变异方面,CBS和NGS发现变异位点的能力相当,CBS发现长片段插入和缺失的能力优于NGS,在实际应用时应根据研究目的选择相应的检测方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邓伟	530021南宁 广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部	14	238	7.0	14.0