动脉源性栓子与心源性栓子的比较转录组学研究

• 作者: 徐娜 王则托 谢广成 李妙端 汤婷 余珍珍 黄妍妍 陈文伙
• 来源期刊: 中国实验诊断学
• 学科: 医学
• 关键词: 动脉源性栓子 心源性栓子 转录组学 脑卒中
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 85-89
• 页数: 5页
• 分类号: R743
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-4287.2022.01.026

摘要

目的 探讨动脉源性栓子与心源性栓子的转录基因差异,以期确定潜在诊断性生物标志物的种类.方法 收集12例动脉源性栓子和14例心源性栓子并随机各自分成3组进行总RNA提取,采用高通量转录组学检测动脉源性栓子和心源性栓子的转录组、筛选和确定差异表达基因和转录本并进行GO和KEGG途径分析,CPAT和rMATS分别完成新转录本编码能力预测和可变剪切事件检测.结果 动脉源性栓子和心源性栓子分别鉴定出11080个和10658个基因、24759个和24166个转录本.两组栓子相比,共鉴定出762个上调的DEGs和共有508个下调DEGs、1661个上调的DETs和1191个下调的DETs.GO分析和KEGG途径分析显示DEGs涉及到不同的信号途径.共鉴定出88570个新转录本、只有5464个新转录本具有编码能力.最后确定了数量不等的A5SS、A3SS、SE、RI、MXE差异可变剪切事件.结论 通过高通量转录组学确定动脉源性栓子和心源性栓子转录组谱和基因表达特征,为筛选两种不同来源栓子的早期潜在诊断性生物标志物提供科学依据.