重要牧草组学数据图形可视化展示工具的构建及应用

• 作者: 陈嘉慧 刘文献 兰州大学草种创新与草地农业生态系统全国重点实验室 兰州大学农业农村部草牧业创新重点实验室 兰州大学草地农业教育部工程研究中心 兰州大学草地农业科技学院
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 牧草 育种 基因表达 图形绘制
• 年，卷（期）: 2024,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 57-67
• 页数: 11页
• 语种: 中文

摘要

随着高通量测序技术的快速发展，多种牧草的基因组和转录组的测序数据相继公布，生物科学已经进入了后基因组时代；基因组学的研究重心也从基因组的结构转向基因功能的挖掘和验证层次，而基因在不同组织的表达量对基因功能挖掘具有重要指导作用。在先前的研究中，育种科学家经常通过柱状图、表格或普通热图等形式对不同组织间的表达量数据进行展示。但这些展示方法形式较为单一，且结果不够美观，读者难以快速有效地获取相关信息。为了更加直观、美观、全面地展示组学数据，本研究以TBtools软件为基础，以紫花苜蓿、蒺藜苜蓿、羊草、黄花草木樨等10种重要牧草为研究对象，结合Adobe Illustrator绘制的SVG文件，构建了一套牧草组学数据可视化工作流程，并以紫花苜蓿中MsSAP基因的表达模式以及不同逆境胁迫下基因的表达模式等为例，从数据获取、热图绘制以及结果展示等方面进行详细介绍。通过与传统的图形展示方式相比较，结果发现，利用本研究提供的牧草SVG图形文件以及可视化流程对多组学数据进行可视化，科研人员能够更快速、高效、美观地展示自己的多组学研究结果，从而为后续深入挖掘功能基因及功能验证提供指导。