基于BSA-Seq的家蚕NC99R抗BmNPV分子标记鉴定

• 作者: 唐亮 蒋满贵 唐名艳 黄深惠 陈小青 董桂清 王平阳 潘志新 广西蚕业技术推广站/广西蚕业科学研究院
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 家蚕 NC99R 核型多角体病毒(BmNPV) 抗性分子标记 BSA-Seq
• 年，卷（期）: 2024,（8）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 218-226
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

【目的】以BSA-Seq测序分析确定抗家蚕血液型脓病品种桂蚕N2抗性亲本NC99R的抗性SNP标记及抗性基因，为NC99R抗性基因鉴定打下基础，也为家蚕抗血液型脓病分子标记辅助育种提供标记资源。【方法】以抗病品种NC99R、感病品种芙蓉为亲本制备杂交F1、F2代及BC1遗传群体，通过添食核型多角体病毒（BmNPV）分析其遗传规律；在NC99R近等位基因系NC99R-NIL和芙蓉制备杂交的F2代群体中，设病毒浓度差异达4000倍的高浓度和低浓度添食组，在高浓度添食组挑选未发病个体用于构建极端抗性素材DNA混合池，在低浓度添食组挑选具有典型发病症状个体构建极端易感素材DNA混合池，利用二代测序技术完成抗性DNA混合池、易感DNA混合池及2个亲本基因组测序，并通过群体分离分析法（BSA）定位抗性连锁关联区域。【结果】NC99R对BmNPV表现出稳定的高抗性，基因组中携带有抗BmNPV基因，且由显著的抗性主效基因或紧密连锁基因共同调控。对极端抗性DNA混合池、极端易感DNA混合池及其亲本DNA进行全基因组测序分析，共获得19276670个SNP位点和4789615个InDel位点；基于ΔSNPindex的LOESS回归拟合分析，定位到2个与血液型脓病抗性关联的区域，分别为Chr.25:150-11069kb和Chr.27:8700-11009kb。同时将ΔSNP-index设定为≥0.8时，鉴定到3865个与抗性显著相关的SNP标记，其中，在25号染色体关联区域筛选出78个SNP标记，在27号染色体关联区域筛选出2694个SNP标记；再经氨基酸水平非同义突变筛查，定位到25号染色体Zinc carboxypeptidase基因和27号染色体Facilitated trehalose transporter Tret1基因。【结论】利用BSA-Seq在抗家蚕血液型脓病品种NC99R中发现与抗性相关的SNP标记资源有3865个，且初步鉴定到2个与抗BmNPV的相关基因（25号染色体Zinc carboxypeptidase基因和27号染色体Facilitated trehalose transporter Tret1基因），为家蚕抗血液型脓病分子标记辅助育种提供了标记资源。