基于 Illumina MiSeq 高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析

• 作者: 张振粉 黄荣 李向阳 姚博 赵桂琴
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: Illumina MiSeq高通量测序 燕麦种带细菌 生物信息学分析 PICRUSt FAPROTAX
• 年，卷（期）: 2024,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 98-110
• 页数: 13页
• 语种: 中文

摘要

采用高通量测序法，分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异，并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示：1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元（OTUs），主要归属于33个门、180个目和435个属。2）基于OTUs的丰度及注释信息，7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门，立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目，鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异，其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明，燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路，分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径；FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。