雌雄罗氏沼虾脑和胸神经节的转录组比较分析

• 作者: 张雨阳 赵莉 桂朗 王余德 孙盛明 李名友 刘东
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 罗氏沼虾 性别二态性 脑 胸神经节 转录组 差异表达基因(DEGs)
• 年，卷（期）: 2024,（3）
• 所属期刊栏目: 专题：转录组测序
• 页码范围: 17-28
• 页数: 12页
• 语种: 中文

摘要

【目的】基于转录组测序技术筛选出罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)雌雄样本脑和胸神经组织中的差异表达基因(DEGs)，为揭示其生长发育的性别二态性及开展分子辅助育种提供理论依据。【方法】通过TRIzol提取罗氏沼虾雌雄样本脑和胸神经节组织总RNA，构建cDNA测序文库后通过Illumina HiSeq 2000平台进行转录组测序，经过滤、质量控制及拼接组装获得Unigenes，使用DESeq筛选出DEGs，并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】转录组数据经de novo拼接成84627条Unigenes。以P <0.05和|log2Fold Change|>1为判断标准，发现雌雄罗氏沼虾脑组织间存在5287个DEGs，雄性组织中显著上调DEGs有2416个、显著下调DEGs有2871个；胸神经节组织间存在6211个差异表达基因，雄性组织中显著上调DEGs有3280个、显著下调DEGs有2931个。雌雄罗氏沼虾脑和胸神经节组织DEGs在GO数据库中注释到生物学过程、细胞组分和分子功能三大功能条目，分别涉及56和57个亚类，包含顶体外膜、生殖结构发育、组织形态发生、细胞过程、代谢过程、细胞组分及结合等；KEGG信号通路富集分析结果表明，DEGs主要参与RNA运输、剪接体、内质网蛋白加工、转录、翻译、折叠和降解等过程。筛选得到的TUBA1B、COX、TRY、MHC、MLC、HSP90和IAGBP等10个DEGs与罗氏沼虾肌肉生长及性腺发育相关，对雌雄罗氏沼虾生长发育差异调控起重要作用。【结论】雌雄罗氏沼虾脑和胸神经节组织中的TUBA1B、COX、TRY、MHC、MLC、HSP90、TRA2、PCNA、MT-ND4和IAGBP等DEGs，富集在RNA转运、内质网蛋白加工及MAPK信号通路等，参与肌肉生长和性腺发育调控，有助于罗氏沼虾生长发育性别二态性的形成。