不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉组织转录组测序分析

• 作者: 姜建萍 曾兰 吕敏 杨学明 蒋和生 蒋钦杨 卢小花 陈泳先 黄光华
• 来源期刊: 南方农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 罗氏沼虾 肌肉 生长性状 差异表达基因 转录组测序
• 年，卷（期）: 2024,（3）
• 所属期刊栏目: 专题：转录组测序
• 页码范围: 95-102
• 页数: 8页
• 语种: 中文

摘要

【目的】鉴定筛选出与罗氏沼虾生长性状相关的候选基因及信号通路，为揭示其生长发育的分子调控机制提供参考依据。【方法】以同一全同胞家系雌性罗氏沼虾中不同生长速度的个体为试验材料，采用Illumina HiSeqTM2500进行转录组测序，经过滤、质控后利用Trinity进行拼接组装获得Unigenes，并在数据库（Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG和KEGG）中进行功能注释，通过DESeq2进行快速生长组与慢速生长组间的差异表达基因（DEGs）分析，运用GOseq和KOBAS进行GO富集分析和KEGG通路分析，采用MISA进行SSR位点挖掘。【结果】罗氏沼虾肌肉组织转录组测序共计获得321706038条Raw reads，经过滤筛选得到310075274条Clean reads，拼接组装后得到38969条Unigenes;18160条（46.60%）Unigenes成功注释在Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、Pfam、GO、KOG和KEGG 8个数据库中。经DEGs分析，快速生长组与慢速生长组间共鉴定到DEGs 937个，其中上调表达基因235个，下调表达基因702个。937个DEGs分别富集到230个GO条目和21条KEGG信号通路中，包含氨基糖和核苷酸糖代谢（Amino sugar and nucleotide sugar metabolism）、糖酵解/糖质新生（Glycolysis/Gluconeogenesis）、氧化磷酸化（Oxidative phosphorylation）等信号通路。此外，在38969条Unigenes中共鉴定到22476个SSRs。【结论】不同生长速度的雌性罗氏沼虾肌肉转录组测序分析共筛选出937个DEGs，主要富集在氨基糖和核苷酸糖代谢、糖酵解/糖质新生、氧化磷酸化等信号通路上，在罗氏沼虾的生长发育过程中发挥重要作用。