罗氏沼虾转录组密码子使用偏好性分析

• 作者: 张宇飞 徐洋 慎佩晶 李喜莲 蒋文枰 陈雪峰 高强 黄振远
• 来源期刊: 现代农业科技
• 学科: 农学
• 关键词: 罗氏沼虾 偏好性 转录组 密码子
• 年，卷（期）: 2020,（16）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 175-178,184
• 页数: 5页
• 分类号: S968.12
• 字数: 5407字
• 语种: 中文

摘要

以罗氏沼虾转录组数据为数据来源,通过研究罗氏沼虾转录组的密码子使用参数(如有效密码子的数量和相关密码子碱基的具体组成信息等),并且采用Codon W 1.4.4深入开展了统计和计算.研究结果显示,同义密码子第三位核苷酸和表达基因密码子GC含量均值分别为0.40和0.45.从整体上看,ENC的平均值等于52.72,其中绝大部分的ENC值小于35.采用高频密码子的研究方法获得GAU、GAA、UUU、AAU、CCA等5个高频密码子.通过最优码子分析法确定16个最优密码子,编码10个氨基酸,最优密码子除UUG外均以A/T结尾.而且把它和大肠杆菌、酵母、果蝇以及人类等6种生物的密码子使用频率开展比较,结果表明,与大肠杆菌和果蝇存在较大差异,而与酵母最为接近.研究结果可为罗氏沼虾功能基因和分子育种等提供理论基础.