本发明属于生化工程领域,涉及一种应用短乳杆菌发酵生产芍药苷代谢素-I的方法。将短乳杆菌L.brevis AS 1.12菌种,接入培养基,培养基的组分和含量为:西红柿汁200g/L,蛋白胨7.5g/L,酵母膏7.5g/L,葡萄糖10g/L,土温80为0.3ml/L,pH值7.0~8.5,于25~37℃厌氧培养12~24小时后,离心收集菌细胞,用生理盐水洗涤,再离心,将所得细胞分散于0.05M的磷酸盐缓冲液中,加入底物芍药苷或其类似物羟基芍药苷或甲基芍药苷或苯甲酰芍药苷或者芍药苷与其类似物的混合物,30~40℃转化2~24小时后,用乙酸乙酯萃取,浓缩萃取液至干得转化物浸膏,浸膏经硅胶柱层析,得芍药苷代谢素-I。本发明具有操作简单、易控制、周期短、成本低、效率高、对环境友好等特点,解决了制造镇痛解痉、抗炎、抗应激性溃疡、扩张冠脉血管、对抗急性心肌缺血以及抑制血小板聚集等药物的原料问题。