本发明公开了一种小麦籽粒颜色相关CAPS标记及其检测方法,涉及的是小麦分子育种的技术领域,所述CAPS标记命名为KU4104‑6AL,序列为:SEQ ID NO.1,记鉴定小麦籽粒颜色的方法,包括以下步骤:步骤1、提取待测小麦基因组DNA,步骤2、利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所述的序列对步骤1获得的小麦基因组DNA进行PCR扩增,获得扩增产物;步骤3、利用NruI内切酶对所述扩增产物进行酶切,内切酶识别序列为TCG/CGA,获得酶切产物;步骤4、当酶切产物为214bp和212bp时,对应的小麦籽粒颜色较浅,其对应扩增产物的基因型命名为KU4104‑6AL‑a;当酶切产物为426bp时,对应的小麦籽粒颜色较深。本发明开发出的CAPS标记KU4104‑6AL可以有效区分小麦籽粒颜色深浅,用于小麦穗发芽抗性及面粉品质的遗传改良。
本发明公开了一种与小麦种子休眠/穗发芽抗性相关的CAPS标记及其检测方法,涉及的是小麦分子育种的技术领域,所述CAPS标记命名为Qsd1‑5BL,Qsd1‑5BL的核苷酸序列为SEQ ID NO.1,本发明还提供一种用于扩增上述CAPS标记的引物对,及利用上述CAPS标记鉴定小麦种子休眠/穗发芽抗性持续期长短的方法,利用该CAPS标记对小麦DNA进行PCR扩增后,利用HhaI限制性内切酶进行酶切,获得酶切产物;当酶切产物为一条主带时,对应的小麦种子具有较长的种子休眠期或较长的穗发芽抗性持续期;当酶切产物为两条主带时,对应的小麦种子具有较短的种子休眠期或较短的穗发芽抗性持续期,本发明提供的CAPS标记可以为培育具有较强的抗穗发芽持续性的小麦品种提供基因资源和功能标记,拓宽其抗性遗传基础。
本发明属于作物遗传育种领域,提供一种小麦休眠持续期候选基因TaCNGC‑2A,利用该候选基因获得小麦植株穗发芽抗性持续期判断功能标记,CAPS标记CNG2A,位于TaCNGC‑2A基因启动子‑313位置具有A/T碱基变异,其标记序列如SEQ ID NO.2所示。根据标记序列设计相应标记引物,扩增产物长度为813bp。扩增产物经FokI限制性内切酶(GGATGN9/)于37℃酶切3h后可直接在1.5%琼脂糖凝胶电泳中进行检测。其中CNG2A‑a等位变异不能被酶切,而CNG2A‑b等位变异为可被酶切类型,酶切产物分别为584bp和229bp,且携带CNG2A‑b等位变异类型的植株比携带CNG2A‑a类型具有更长的穗发芽抗性持续期,本发明提供的标记可直接应用于分子标记辅助小麦抗穗发芽育种选择,也有助于加快抗穗发芽品种的培育进程。