摘要:

为了了解云南省师宗县和江苏省盱眙县中华按蚊的分子鉴定及COⅡ基因序列特征,2014年7月在云南省师宗县和江苏省盱眙县采集蚊虫标本,通过形态学鉴定出中华按蚊,再提取蚊虫基因组DNA,用COⅡ基因特异引物和序列测定,然后采用生物信息学软件进行核苷酸序列同源性和遗传进化分析.结果在云南省师宗县县城周围采集蚊虫标本314只,其中按蚊234只(74.52％);在江苏省盱眙县桂五镇采集蚊虫标本212只,其中按蚊143只(67.45％).经形态学鉴定,每个地方挑选了8只疑似中华按蚊进行序列分析,结果显示,16只蚊虫COⅡ核苷酸序列同源性在98％-100％之间,遗传进化分析显示,16只蚊虫全部与中华按蚊位于同一进化分支内.表明了采用分子鉴定的方法可有效地进行蚊虫种类鉴定.

摘要:

为了探讨中国黄粉蝶亚科属间的系统发育关系,我们对其中6属9种的细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)的部分序列和延伸因子基因(EF-1α)部分序列进行了分析.分别采用最大简约法(maximum parsimony, MP)、最大似然法(maximum likelihood, ML)和贝叶斯推论法(bayesian inference, BI)构建黄粉蝶亚科分子系统树.结果表明: 在测得的COⅡ基因的648 bp序列和EF-1α基因的504 bp序列中,有261个变异位点,151个简约信息位点,黄粉蝶亚科内各属COⅡ基因A+T含量(77.3%)均明显偏高.系统发育分析显示黄粉蝶属为亚科中较为原始的类群,分化较早,豆粉蝶属和迁粉蝶属亲缘关系较近,但钩粉蝶属与豆粉蝶属、迁粉蝶属之间的亲缘关系还不能确定.本研究结果和传统的基于形态学的黄粉蝶亚科的分类体系有所不同,最显著的分歧是本研究支持内群中分化最早的属应为黄粉蝶属,而不是豆粉蝶属和迁粉蝶属.

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与传统的母系遗传不同,双壳贝类线粒体有M和F型2种mtDNA,称为双单亲遗传(doubly uniparental inheritance,DUI).为了探究DUI的形成机制,实验利用RACE方法得到三角帆蚌M、F-type COⅡ基因的cDNA全长;荧光定量检测各时期各组织中M、F-type COⅡ基因的表达.结果发现,①M-type COⅡ基因的cDNA序列全长1244 bp,F-type COⅡ基因的cDNA序列全长808 bp,M型3′端较F型有一段546 bp的特异性延长序列;跨膜结构预测显示M-type COⅡ基因3′特异性延伸区域有4个跨膜结构,推测这段延伸序列具有一定的功能性;②早期幼龄(胚胎期-5月龄)三角帆蚌的组织团中,M、F-type COⅡ基因均能检测出,且同时期中F-type COⅡ基因的表达量显著高于M-type COⅡ;③6月龄蚌各组织中,F-type COⅡ基因在各组织中表达量明显高于M型的表达量,而M-type COⅡ基因在性腺中表达明显高于其他组织;④一龄雌性各组织中,M、F-type COⅡ基因均有表达;而一龄雄性各组织中,M-type COⅡ基因仅在性腺中表达;⑤二龄雌性各组织中,M、F-type COⅡ基因均有表达;二龄雄性各组织中,F-type COⅡ基因除性腺外的其他组织中均有低量表达,M-type COⅡ基因仅在性腺中表达,且表达量较高.研究表明,在三角帆蚌雌雄个体发育过程中,M-type mtDNA在组织中选择性降解或聚集.

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采用PCR技术获得了唇NFDA1(Hemibarbus labeo)和花NFDA1(H. maculatus)线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与4种取自GenBank的NFDA1属鱼类同一基因序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,在实际分析的600 bp序列中,序列A+T含量(56.9%～57.8%)高于G+C含量,物种间共有变异位点116个,其中简约信息位点46个;唇NFDA1和花NFDA12个地理种群间变异位点均为11个,唇NFDA1种群间碱基替换均为转换,花NFDA1的转换/颠换为8/3.以COⅡ基因片段序列为标记,用似刺鳊鮈(Paracanthobrama guichenoti Bleeker)作外群,构建了NFDA1属鱼类的系统发生树,其拓扑结构显示2个地理种群浙江花NFDA1单倍体Ⅰ(H1)与江苏花NFDA1首先聚为一支,然后与浙江花NFDA1单倍体Ⅱ(H2)形成一个单系群.韩国唇NFDA1和日本NFDA1为姐妹群,然后与中国花NFDA1(浙江和江苏)相聚为一支.长吻NFDA1和朝鲜NFDA1单独聚为一支,表明2者的亲缘关系较近.结果同时表明,韩国唇NFDA1与江苏花NFDA1、日本NFDA1和浙江花NFDA1(H1)的遗传距离均为0.008 4,结合形态特征鉴定,推测韩国唇NFDA1和日本NFDA1是中国花NFDA1(浙江和江苏)的同物异名.

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通过克隆测序方法,报道了中华绒螯蟹(Eriocheir japonica sinensis)线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因全序列.与已知甲壳动物线粒体同源序列的比较显示,绒螯蟹COⅡ基因的核苷酸组成及其编码的氨基酸组成与软甲类甲壳动物最相近似.其序列组成与密码子使用对A、T核苷酸没有明显的偏倚.对中华绒螯蟹COⅡ全序列及其序列特征的研究,为进一步研究短尾类的系统发生和绒螯蟹属的分子进化提供了分子标记.

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[目的]果实蝇属Bactrocera中有国际上重要的检疫性害虫,基于形态的物种鉴定有一定的局限性.另一方面,云南边境地区为东南亚地区实蝇入侵我国的重要通道.因此,对该地区实蝇分子鉴定方法的研究对于该属物种的快速准确鉴定具有重要意义.本研究旨在探讨DNA条形码技术在果实蝇属物种鉴定中的有效性.[方法]使用线粒体基因COⅠ和COH序列的通用引物对果实蝇属20个物种60份样品进行PCR扩增、测序和序列分析;采取距离方法和建树方法评价2种序列的鉴别能力.[结果]COⅠ和COⅡ序列平均长度分别为682 bp和339 bp,种内和种间遗传差异较大,有较明显的遗传距离间隔(barcoding gap),鉴定成功率分别为91.2％和90.7％.另外,分子系统树表明华实蝇亚属Sinodacus不是单系群.[结论]COⅠ和COH序列均能够将绝大多数果实蝇属物种进行准确鉴别,应用COⅠ或COⅡ序列进行果实蝇属物种鉴定具有一定的可行性.

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对我国长江与移居到英国泰晤士河、美国旧金山湾的3个中华绒螯蟹群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(COII)的全序列进行了测定.在693 bp的序列长度中,长江群体、泰晤士河群体和旧金山湾群体分别有20、8、7个变异位点;它们的单倍型多样性指数分别为0.8433、0.8158、0.7821;核苷酸多样性指数分别为0.0048、0.0031、0.0039.AMOVA分析表明:长江群体与泰晤士河群体和旧金山湾群体已出了显著的遗传分化,而泰晤士河群体和旧金山湾群体间却未出显著的遗传分化.邻接法(NJ)构建的系统关系树和最小拓展网络分析显示,旧金山湾群体与泰晤士河群体存在一定程度的基因流,旧金山湾的中华绒螯蟹群体除直接来自中国长江外,也可能有一部分来自先移居于欧洲的群体.

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采用PCR产物直接测序法测定了斑腿蝗科10个亚科16属22种的COⅡ基因585 bp的片段,对序列的碱基组成进行了分析,并评估了数据集的系统发育信号;最后,以癞蝗科的肃南短鼻蝗作为外群,采用NJ法、MP法、ML法以及贝叶斯推论法构建了系统树,以解决这些物种所代表的亚科之间的系统发育关系.结果表明:22种斑腿蝗科昆虫的COⅡ基因序列碱基组成表现强烈的A+T含量偏向性.对COⅡ基因585 bp序列片段构成的全数据组和根据密码子不同位点划分的密码子第一、第二和第三位点数据组的系统发育信号分析显示,所有数据组都具有一定的系统发育信息.在4种方法得到的合一树中发现: (1)星翅蝗亚科、刺胸蝗亚科、黑背蝗亚科、斑腿蝗亚科的亲缘关系较近;(2)卵翅蝗亚科与稻蝗亚科亲缘关系较近,建议卵翅蝗亚科似乎应归入稻蝗亚科中,板胸蝗亚科与这两个亚科的关系较近;(3)黑蝗亚科和秃蝗亚科似乎应合并为一个亚科;(4)切翅蝗亚科的4个属未聚在一起,表明这些属的区别较大,不是一个单系群;(5)黑蝗亚科和秃蝗亚科关系较近,且与本研究中其他几个亚科的亲缘关系相对较远.研究结果表明COⅡ基因在解决斑腿蝗科的亚科以下属种间的系统发育关系时是一个有效的分子标记.

摘要:

目的 报道4个疑有母系遗传特征的中国非综合征耳聋家系的线粒体分子遗传学特征.方法 应用限制性内切酶酶切和直接测序技术对先证者的线粒体基因序列进行分析,同时收集患者的相关临床资料.结果 在2个非综合征耳聋家系的先证者中发现线粒体CO Ⅰ和COⅡ基因上两个新变异形式(7250 A＞G和7774 G＞A)均为沉默突变(Thr→Thr和Thr→Thr),而位于CO Ⅰ基因上的7196 C＞A (Leu→Leu)、7319 T＞C (Ile→Ile)和COⅡ基因上的7660 A＞G(Asp→Asp)为国外及汉族群体中已报道的3个多态性位点,其中CO Ⅰ基因两个多态性位点为首次在畲族耳聋遗传家系中报道.这些突变或多态没有产生错义氨基酸,可能通过基因调控机制使tRNA代谢或线粒体功能产生缺陷,或者对氨基糖甙类药物易感而致聋.同时,在家系中未发现GJB2、MTO1基因及其他线粒体基因突变.结论 mtDNA 7250 A＞G和7774 G＞A为汉族耳聋家系中新发现的线粒体基因突变形式,而mtDNA 7196C＞A和7319 T＞C是首次在畲族耳聋遗传家系中报道.

摘要:

为了了解云南省师宗县和江苏省盱眙县中华按蚊的分子鉴定及COⅡ基因序列特征,2014年7月在云南省师宗县和江苏省盱眙县采集蚊虫标本,通过形态学鉴定出中华按蚊,再提取蚊虫基因组DNA,用COⅡ基因特异引物和序列测定,然后采用生物信息学软件进行核苷酸序列同源性和遗传进化分析.结果在云南省师宗县县城周围采集蚊虫标本314只,其中按蚊234只(74.52％);在江苏省盱眙县桂五镇采集蚊虫标本212只,其中按蚊143只(67.45％).经形态学鉴定,每个地方挑选了8只疑似中华按蚊进行序列分析,结果显示,16只蚊虫COⅡ核苷酸序列同源性在98％-100％之间,遗传进化分析显示,16只蚊虫全部与中华按蚊位于同一进化分支内.表明了采用分子鉴定的方法可有效地进行蚊虫种类鉴定.