对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫-胖尾刺虫(Uronychia transfuga)的16s小亚基单位核糖体RNA(16s-like Small Subunit rRNA)基因进行了序列测定,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析,认为游仆虫属(Euplotes)首先从下毛目中分离出来,其次是属刺虫属和双眉虫属(Diophrys),其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群-游仆亚目(Euplotina).同时,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分:散毛亚目(Sporadortrichina),排毛亚目(Stichotrichina)和尾柱亚目(Urostylina).这与形态学资料是吻合的.