RT-PCR扩增汉滩病毒及其核苷酸序列的发生树分析

• 作者: 丁晓华 侯炜 徐芳玲 文利 杨占秋 肖红 陈晓湘
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 汉滩病毒 RT-PCR 序列分析 发生树
• 年，卷（期）: 2003,（1）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 38-41
• 页数: 4页
• 分类号: R37
• 字数: 3275字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j:issn:0254-5101.2003.01.016

摘要

目的用RT-PCR方法扩增肾综合征出血热病人血样品中的汉滩病毒RNA,对扩增产物进行测序并分析汉滩病毒基因组的变异. 方法用引物PⅠ/PⅡ对22例血样品中的汉滩病毒RNA进行第一次PCR扩增,PⅠ/PⅡ扩增样品再用PⅠ1/PⅡ2引物进行槽式RT-PCR扩增,将扩增效果良好的PCR产物进行测序,对测序结果用生物化学软件进行同源性比较和进化树分析.其中HV226样品用引物P1/P2进行RT-PCR扩增. 结果 22例肾综合征病人血样品用PⅠ/PⅡ和P1/P2引物扩增有19例阳性,其中编号 W613、W1141样品用PⅠ1/PⅡ2进行槽式扩增后对其扩增产物直接进行测序.HV226 号样品用引物P1/P2进行扩增后,其扩增产物也直接进行测序.对该3株序列测定结果进行比较分析发现,编号W613、W1141样品核苷酸序列与HV114株的同源性为84%,而与HTN76-118株的同源性为99%.HV226号样品与HV114有95%的同源性,而与HTN76-118有82%的同源性.进化树分析表明, W613, W1141与HTN76-118株位于同一分枝,而HV226与HV114、A9株处于同一分枝. 结论湖北地区汉滩病毒至少存在2个亚型,其中W613、W1141与HTN76-118的核苷酸序列高度同源, 属于同一亚型.而HV226与HV114属于另一亚型.