用于串联质谱鉴定多肽的计量方法

• 作者: 丁达夫 汤海旭 王连水 盛泉虎 解涛
• 来源期刊: 生物化学与生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质组信息学 数据库搜索 多肽鉴定 概率模型 串联质谱
• 年，卷（期）: 2003,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 734-740
• 页数: 7页
• 分类号: Q5
• 语种: 英文

摘要

目前已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于鸟枪法蛋白质组学(shotgun proteomics)研究. 然而这些方法操作时存在大量错误的多肽鉴定. 这里提出一种新的串联质谱识别多肽序列的计量算法. 该算法综合考虑了串联质谱中不同离子出现的概率、多肽的酶切位点数、理论离子与实验离子的匹配程度和匹配模式. 对大容量的串联质谱数据集的测试表明, 根据算法开发的软件PepSearch比目前最常用的软件SEQUEST有更好的鉴定准确性. PepSearch可从http://compbio.sibsnet.org/projects/pepsearch下载.