大规模发掘及分型SNP技术平台的建立

• 作者: 周凯欣 周钢桥 张秀梅 朱云平 汪海建 翟芸 董晓佳 贺凤英 贺福初 郝冰涛
• 来源期刊: 军事医学科学院院刊
• 学科: 生物学
• 关键词: 多态性,单核苷酸 SNP分型 大规模DNA测序 PCR-RFLP TaqMan
• 年，卷（期）: 2004,（1）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 52-56,60
• 页数: 6页
• 分类号: Q524
• 字数: 4406字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2004.01.016

摘要

目的:建立发掘未知单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和已知SNPs分型的技术平台.方法:运用PCR产物双向大规模测序的方法发掘未知SNPs;运用基于聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction endonuclease digestion, PCR-RFLP)、TaqMan技术对已知SNPs进行分型.结果:建立了基于PCR产物双向大规模测序发掘未知SNP的技术平台,并以此在27个个体的69个乙型肝炎候选易感基因区域检测到592个SNPs,核苷酸变异度为(4.51 ± 1.24)×10-4;建成基于PCR-RFLP和TaqMan的SNP分型技术平台,这两种方法与直接测序法比较,PCR-RFLP的检出率达到100%,错误率几乎为0,并且操作简单,成本低廉;TaqMan分型技术的检出率也可达到100%,与测序结果的一致性达到100%,并且过程简单、易于操作,结果直观,易于判断,也能快速得到结果.结论:基于PCR产物双向大规模测序发掘未知SNPs的技术平台成熟可靠,适于准确、大规模地发掘未知SNPs;PCR-RFLP技术和TaqMan分型技术均适用于今后大规模正常人群和疾病人群的SNPs分型,为进行关联分析以确定疾病相关的SNPs奠定了坚实的技术基础.