一种基于主集分割的基因芯片聚类算法

• 作者: 付旭平 李宏宇 李瑶 李荣宇 沈一帆 滕莉 陈文斌
• 来源期刊: 软件学报
• 学科: 工学
• 关键词: 基因芯片 主集 聚类 相关表达 排序
• 年，卷（期）: 2005,（9）
• 所属期刊栏目: 模式识别与人工智能
• 页码范围: 1591-1598
• 页数: 8页
• 分类号: TP181
• 字数: 6089字
• 语种: 中文

摘要

聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法,首先用主集方法对原有基因进行重新排序,使高度相似的基因排列在特定区域.类的分割界线通常难于确定.提出一种标准,根据类内元素间的距离远小于类外元素间的距离的性质,从排序后的数据集中划分出一个类.将找到的类从当前数据集中排除以后,对剩下的数据重复以上处理,直到满足所提出的徨停止条件为止.从多方面分析了该算法的性能,并将该算法应用于酵母细胞周期的芯片表达谱数据聚类.理论分析和应用结果都表明,该算法是实用、有效的,并且有很好的抗噪性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈文斌	复旦大学数学系	24	87	4.0	8.0
2	沈一帆	复旦大学计算机科学与工程系	21	134	4.0	11.0
3	李宏宇	复旦大学计算机科学与工程系	6	24	3.0	4.0
4	李荣宇		4	39	3.0	4.0
5	滕莉	复旦大学计算机科学与工程系	1	3	1.0	1.0
6	付旭平		1	3	1.0	1.0
7	李瑶		1	3	1.0	1.0