坛紫菜(Porphyra haitanensis)丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析

• 作者: 庞国兴 曾呈奎 王广策 胡松年
• 来源期刊: 海洋与湖沼
• 学科: 生物学
• 关键词: 坛紫菜 EST GC含量 密码子
• 年，卷（期）: 2005,（5）
• 页码范围: 452-458
• 页数: 7页
• 分类号: Q93
• 字数: 4623字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0029-814X.2005.05.010

摘要

采用改进的一步法提取坛紫菜丝状孢子体的总RNA,构建了坛紫菜丝状孢子体的cDNA文库,对测序得到的EST进行分析并与条斑紫菜的EST相比较.结果表明,cDNA文库共包含2.5×105个克隆,测序得到490个EST,其中275个与已知功能基因同源,占56.1%,260个EST与已知的条斑紫菜EST同源,占53.0%.使用GO(Gene Ontology)分类方法对275个EST进行分类,其中226个可归属于细胞组分(Cellular component)、分子功能(Molecular function)和生物学过程(Biological process)三个大类,而其余49个则为未知功能的EST.挑选出与条斑紫菜同源性高的28个EST,这些EST所包括的密码子数为3221个,发现密码子第三位的平均GC含量远高于第一位的平均GC含量和第二位的平均GC含量.统计坛紫菜丝状孢子体3221个密码子的使用频率,发现同义密码子第三位碱基偏好使用G或C.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王广策	中国科学院海洋研究所	73	1076	20.0	29.0
2	胡松年	中国科学院基因组中心	21	114	6.0	10.0
3	曾呈奎	中国科学院海洋研究所	57	1167	22.0	32.0
4	庞国兴	中国科学院海洋研究所	2	57	2.0	2.0