基于生物信息学的条斑紫菜microRNAs及其靶标预测

• 作者: 冯佳 刘琪 南芳茹 吕俊平 尹旭岗 谢树莲 高帆
• 来源期刊: 山西农业科学
• 关键词: MicroRNA(miRNA) 生物信息学 条斑紫菜属 靶标
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1239-1243,1257
• 页数: 6页
• 分类号: S968.43+1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2481.2018.08.03

摘要

目前,作为模式红藻的条斑紫菜面临着日益严峻的生存危机.非编码RNA介导的基因后转录水平调控对于条斑紫菜资源的保护与开发具有十分重要的意义.研究利用BLASTn结合Mireap软件,共预测到5条新的条斑紫菜miRNAs;利用TargetFinder工具预测到5条与紫菜生长发育及代谢相关的靶标基因,另预测到59条未知功能的靶标位点.Clustal W结合WebLoGO的分析结果显示了条斑紫菜miRNAs在植物间保守性;Clustal W结合MEGA的miR164家族系统进化结果显示,pre-miR164s与物种进化不同步,且具有进化的随机性与序列的多态性.研究结果丰富了条斑紫菜miRNAs及其靶标信息,可为条斑紫菜后转录水平的分子选育及其功能的开发与利用奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢树莲	山西大学生命科学学院	183	1093	17.0	22.0
2	冯佳	山西大学生命科学学院	100	447	10.0	16.0
3	吕俊平	山西大学生命科学学院	29	70	5.0	6.0
4	刘琪	山西大学生命科学学院	28	68	5.0	6.0
5	南芳茹	山西大学生命科学学院	16	23	3.0	4.0
6	高帆	山西大学生命科学学院	11	50	3.0	7.0
7	尹旭岗	山西大学生命科学学院	2	1	1.0	1.0