基于生物信息学方法的荞麦属microRNAs及其靶基因预测

• 作者: 宋韡 谢树莲 高帆
• 来源期刊: 山西农业科学
• 关键词: MicroRNA(miRNA) 生物信息学 荞麦属 靶基因
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1237-1242,1249
• 页数: 7页
• 分类号: Q752
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2481.2016.09.01

摘要

MicroRNA是一类具有转录后基因调控功能的非编码小分子RNA.以传统的试验方法发现和鉴定新的miRNA是一项繁琐的工作.以生物信息学方法从数据库中筛选miRNAs及其靶基因能够极大地提高效率.植物中已报道了大量的miRNAs,但荞麦属的尚未见报道.通过养麦ESTs和GSSs的严格筛选,共预测到13个荞麦属miRNAs(分属11个miRNA家族).预测的miRNAs在不同的植物中表现出保守性,miRNA家族成员表现出多样性.共预测到17个潜在的靶基因,这些靶基因的功能包括代谢、生长发育、胁迫响应、信号转导等,表明miRNAs在植物生命活动中具有重要作用.miRNA家族系统进化分析表明,金荞麦的miRNAs进化与甜荞麦关系密切.以生物信息学方法从已知的数据库中预测并挖掘荞麦属新的miRNAs及其靶基因是可行的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢树莲	山西大学生命科学学院	183	1093	17.0	22.0
2	高帆	山西大学生命科学学院	11	50	3.0	7.0
3	宋韡		5	5	2.0	2.0