巨桉miRNA及其靶基因生物信息学预测

• 作者: 周鹏 李崇奇 沈文涛 言普 黎小瑛
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 巨桉 miRNA 木质形成 基因组序列 转录因子
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1532-1538
• 页数: 7页
• 分类号: Q74
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2014.9.1532

摘要

[目的]识别并筛选与巨桉木质形成相关的miRNA基因,为开展巨桉遗传品质改良奠定基础.[方法]将mirBase数据库中所有植物的3228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,然后应用BLAST-2.2.27+软件与rfam和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,应用Bioedit分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点.[结果]共预测获得341条miRNA前体序列和129条成熟的miRNA序列,属于28个不同miRNA家族.预测的巨桉miRNA长度为18～23 bp.其中长度为21个碱基的miRNA数量最多,达76个,miRNA前体长度为71～221 bp,平均长度为123 bp.巨桉miRNA序列和其侧翼序列均存在碱基偏倚现象,5'端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达62.8％,第19碱基以胞嘧啶出现的频率最高,miRNA下游侧翼序列第1碱基G出现的频率仅为9.1％.靶基因预测发现,与木质形成相关的miRNA有41个,其中34个调节与木质形成相关的转录因子,主要调控ARF、HD-ZIPIII、KAN、MYB和NAC;10个调节与木质形成相关的酶,主要调控肉桂酰CoA还原酶、肉桂醇脱氢酶、纤维素合成酶、过氧化物酶和漆酶.[结论]巨桉中存在41个与木质形成相关的miRNA基因,可应用于巨桉遗传品质的改良研究.