葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析

• 作者: 孙嘉曼 尹玲 方辉 曲俊杰 潘凤英
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 葡萄 miR169基因 靶基因 NF-YA转录因子 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1329-1334
• 页数: 6页
• 分类号: S663.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2017.08.01

摘要

[目的]明确葡萄miR169(vvi-miR169)基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用,为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据.[方法]利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX 2.1、MEGA 6.0、RNAfold WebServer、psRNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析.[结果]在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列,分别分布在6条染色体上,其中以位于Chr11上的序列最多,共有17条,位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条,而在Chr08和Chr17上各有1条.vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系.vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因,绝大部分miRNA都有多个靶基因,且不同miRNA具有相同的靶基因,其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001(NF-YA转录因子).[结论]vvi-miR169基因家族序列保守性较高,家族特征明显,且具有相似的调控功能;NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因,也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙嘉曼		11	40	4.0	5.0
2	曲俊杰		7	16	2.0	3.0
3	尹玲		6	16	2.0	3.0
4	方辉		7	7	2.0	2.0
5	潘凤英		2	4	2.0	2.0