5种桉属植物的miRNA生物信息学预测

• 作者: 周鹏 李崇奇 蔡望伟
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 桉树 miRNA EST
• 年，卷（期）: 2014,（15）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 4587-4590
• 页数: 4页
• 分类号: S792.39|Q74
• 字数: 2804字
• 语种: 中文

摘要

[目的]识别桉树miRNA基因和寻找与桉树木质形成相关的miRNA,为进一步开展桉树遗传品质改良工作奠定理论基础.[方法]将mirBase数据库中所有植物的3 228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,应用blast-2.2.27+软件与rfam数据库和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,并应用bioedit软件分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点.[结果]共计预测到26条miRNA前体序列和19条不同的成熟miRNA序列,并发现桉树miRNA序列在碱基偏倚现象,5'端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达52.6％,而在第19碱基胞嘧啶出现频率为61.1％.靶基因预测发现3个与木质形成相关的miRNA.[结论]应用生物信息学方法首次在桉树中预测到了19条成熟miRNA序列,并识别到了3个与木质形成相关的miRNA.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周鹏	海南大学农学院	129	1451	21.0	32.0
3	蔡望伟	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	112	435	10.0	15.0
6	李崇奇	海南医学院生物化学与分子生物学教研室	5	3	1.0	1.0