基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因

• 作者: 何美军 吴斌 姚怡玮 徐静 李燕呢 杨萌 郭坤元
• 来源期刊: 中国现代中药
• 学科: 医学
• 关键词: 野葛 生物信息学 microRNA 靶基因
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 429-437
• 页数: 9页
• 分类号: R284.1|Q7
• 字数: 4063字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.20180904005

摘要

目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs (miRNA)数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础.方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块“psRobot-mir”将miRBase数据库中已知的miRNA序列与野葛转录组序列进行比对,按照miRNA的判定标准进行筛选,并随机选取了7条miRNA进行茎-环PCR验证,随后利用psRNATarget软件对这些miRNA进行了靶基因预测.结果:在野葛中共预测出34条潜在的miRNA序列,它们属于18个基因家族,miRNA茎-环PCR验证的成功率是100％.基于罚分≤3,预测出235个靶基因,其中66个具有明确的功能,涉及野葛抗病、生长发育、转录调节、胁迫应答等,其中28个为抗病蛋白.结论:预测出的野葛保守miRNA及其靶基因,为今后解析miRNA在野葛抗病和次生代谢产物合成中的作用奠定了基础.