基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建

• 作者: 唐焕文 张伟伟 张文 方伟武 蔡旭
• 来源期刊: 大连理工大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 微生物 原核生物 古细菌 系统发育 信息离散性度量
• 年，卷（期）: 2005,（6）
• 所属期刊栏目: 应用数学
• 页码范围: 925-930
• 页数: 6页
• 分类号: Q517|Q349
• 字数: 2979字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-8608.2005.06.030

摘要

新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发育分析是一项很有意义的工作.因为氨基酸序列比DNA序列更为保守,能为物种的进化分析提供更为有用的信息.对收集到的163个原核生物和5个真核生物,从完全蛋白质组出发去分析推断其系统的发育关系,所得的系统发育树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核细菌,这与三界进化理论符合,大部分低层分支与权威的<伯杰氏系统细菌学手册>相同.并且对高层分支关系提出了一些新建议.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐焕文	大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所	86	2153	27.0	43.0
2	张文	大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所	10	52	6.0	7.0
3	方伟武	中国科学院应用数学研究所	8	49	5.0	7.0
4	张伟伟	大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所	6	39	5.0	6.0
5	蔡旭	中国科学院应用数学研究所	1	6	1.0	1.0