基于κ-tuple组合的酵母ncRNA与mRNA的比较研究

• 作者: 应晓敏 李伍举 李华 查磊
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 酵母 非编码RNA κ字含量 分类
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 理论生物物理
• 页码范围: 110-116
• 页数: 7页
• 分类号: Q61
• 字数: 3296字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2006.02.007

摘要

ncRNA和mRNA一样,都是重要的功能分子.以κ-tuple(κ字)含量为特征,对酵母ncRNA成熟序列和mRNA的编码区、上游序列与下游序列进行了分类与比较研究,结果显示:基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple的含量,ncRNA和mRNA的交叉有效性分类精度(leave-one out cross-validation,LOOCV)平均值达到93.93%;基于上游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为92.49%和92.76%;基于下游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为91.58%和90.60%;利用上游序列和下游序列的4-tuple与5-tuple的含量,其平均分类精度分别为94.68%和94.83%;通过t检验,得到了在ncRNA和mRNA上、下游序列中具有显著统计学差异的κ-tuple.上述结果表明,基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple含量和基于ncRNA与mRNA上、下游序列的4或5-tuple含量可以有效地区分ncRNA与mRNA.此研究结果不仅有助于准确识别ncRNA与mRNA,还有助于发现ncRNA特异的转录因子结合位点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李伍举	军事医学科学院基础医学研究所	19	164	5.0	12.0
2	李华	军事医学科学院基础医学研究所	3	4	1.0	1.0
3	应晓敏	军事医学科学院基础医学研究所	14	100	3.0	9.0
4	查磊	军事医学科学院基础医学研究所	5	13	2.0	3.0