k-长DNA子序列频数分布研究

• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: DNA序列 k-长DNA子序列 三维频数分布图 非中心F分布 分形 n阶零间隔
• 年，卷（期）: 2006,（3）
• 所属期刊栏目: 理论生物物理
• 页码范围: 177-196
• 页数: 20页
• 分类号: Q5
• 字数: 13816字
• 语种: 中文

摘要

在详细阐述了生成DNA序列分形图像的Hao方法后,提出一种能够直观显示k-长DNA子序列频数分布差异性的三维频数分布图生成方法.把3D频数分布图转化为1D对数频谱图,突出显示了频数分布的局部特征,提出k-长DNA子序列频数区划分准则,并详细研究了甚高频数区的n阶零间隔现象,指出n阶零间隔分布就是基因组进化过程所留痕迹的假设,并给出对数频谱图特征的生物学解释.实验发现许多DNA序列频数概率分布近似服从非中心F分布,对于分布呈多峰现象的基因组序列,可采用多个非中心F分布的叠加来拟合.在比较非中心F分布与Gamma分布后,提出一种结合二者在拟合方面具有互补优势的新分布,实验证明这种新分布能够更好地吻合实际DNA序列的频数分布.最后研究了两种特异出现频数(最高出现频数与出现频数为1的k-长子序列个数)与k值的关系,发现不同物种的这两种关系具有良好的一致性.