变形链球菌高毒力株特异DNA片段的序列测定及生物信息学分析

• 作者: 史俊南 郭丽宏
• 来源期刊: 华西口腔医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 变形链球菌 测序 生物信息学 相似性检索
• 年，卷（期）: 2006,（6）
• 所属期刊栏目: 专栏论著
• 页码范围: 541-545
• 页数: 5页
• 分类号: R3
• 字数: 4404字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-1182.2006.06.016

摘要

目的 将筛选得到的变形链球菌高毒力株特异的DNA片段序列与数据库中已知序列进行对比,发现高毒力株特异的新基因或已知基因的新功能,推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能.方法 对筛选得到的c血清型变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段进行序列测定,利用BLAST 2.2.6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码的氨基酸的相似性检索.结果 变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段中,2个为重复克隆,片段大小在113～776 bp之间,平均G+C含量为38.59%,与已完成测序的变形链球菌UA159基因编码区的G+C含量相近.发现了5个新的基因片段,其余的片段均与变形链球菌UA159基因组中的基因有高度的同源性.依据推测的功能,高毒力株特异的DNA片段主要与信号转导及转录调节、修复应激损伤、生化代谢、外膜蛋白合成及粘附以及目前功能仍未知或不确定的假想蛋白有关.结论 利用生物信息学相关软件及数据库进行c血清型变形链球菌高毒力株特异DNA片段的基因分析、识别及功能预测,发现了5个新的基因片段以及高毒力株特异的DNA片段的主要功能,为进一步的基因功能研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	史俊南	第四军医大学口腔医院牙体病科	233	1011	15.0	20.0
2	郭丽宏	北京大学口腔医学院生物教研室	18	121	7.0	10.0