一种快速可变剪接模式搜索算法的研究

• 作者: 张欣 曹志伟 王庆康 赵静
• 来源期刊: 高技术通讯
• 学科: 工学
• 关键词: 可变剪接 联配搜索 算法 EST
• 年，卷（期）: 2006,（10）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 1051-1055
• 页数: 5页
• 分类号: TG3
• 字数: 5002字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1002-0470.2006.10.014

摘要

提出了一种快速可变剪接模式搜索算法--ASDT.该算法通过计算cDNA与基因序列的联配结构来寻找基因的可变剪接模式.ASDT计算中引入已知剪接信息,并采用增强后缀数组、块联配延伸和K最大参考路径等技术和方法来提高计算速度.与国外的BLAT软件的比较结果显示,在达到相同计算精度的前提下,ASDT的搜索速度是BLAT的2到16倍.根据ASDT算法开发的工具可以在以下网址获得: http://www.scbit.org/ASDT/.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵静	上海交通大学生命科学技术学院	28	259	9.0	15.0
2	曹志伟		4	55	3.0	4.0