基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究

• 作者: 康仁科 郭东明 郭晓光 金洙吉
• 来源期刊: 大连理工大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: 分子动力学仿真 并行算法 区域分解法
• 年，卷（期）: 2007,（6）
• 所属期刊栏目: 材料、机械工程
• 页码范围: 818-822
• 页数: 5页
• 分类号: TG580.1|TP311.1
• 字数: 4744字
• 语种: 中文

摘要

介绍了分子动力学并行仿真计算的软硬件环境,分析了现有的几种并行算法,确定采用区域分解法作为并行算法,并在此基础上提出了基于区域二次划分的分子动力学并行仿真算法.另外,阐述了原子链、原子近邻表和原子亲属表的概念,提出了基于永久序号的消息传递策略.最后,设计了分子动力学并行仿真程序,并分别在1、2、3、4台结点机上进行了实验,运行结果表明:加速比随着结点数的增加而增加,并行效率虽略有下降但都在87.5%以上,并行效率并没有随着结点数的增加有明显的降低,说明并行程序具有很好的扩展性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	康仁科	大连理工大学精密与特种加工教育部重点实验室	165	2562	24.0	44.0
2	郭东明	大连理工大学精密与特种加工教育部重点实验室	273	4547	35.0	54.0
3	金洙吉	大连理工大学精密与特种加工教育部重点实验室	105	1334	18.0	32.0
4	郭晓光	大连理工大学精密与特种加工教育部重点实验室	25	224	9.0	14.0