DnaReSM:一个基于多支持度的DNA重复序列挖掘算法

• 作者: 朱扬勇 熊赟 陈越
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: 数据挖掘 DNA序列 重复序列 序列模式
• 年，卷（期）: 2007,（2）
• 所属期刊栏目: 人工智能及图像处理技术
• 页码范围: 211-212,封四
• 页数: 3页
• 分类号: TP3
• 字数: 3567字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-137X.2007.02.054

摘要

DNA序列分析研究是生物信息学的重要内容之一.基因组的基因相关区域和基因外区域中含有大量重复序列,尽管目前大多数重复序列的功能还没能肯定,但它们在遗传分析中已起重要作用.挖掘DNA重复序列成为DNA序列分析的关键.自底向上的挖掘算法中间过程产生很多短的、甚至单字符的模式,使得挖掘效率降低;另一方面,目前序列模式挖掘算法在多序列挖掘中表现出高效性,但由于单支持度定义的局限导致无法在挖掘过程中同时找到单条DNA序列中的重复序列,因此不能很好地适用于DNA重复序列挖掘.本文基于新的多支持度序列模式挖掘框架,提出了一种融合自底向上和自项向下策略挖掘DNA重复序列的新算法DnaReSM,其结果为生物学相关实验提供基础.实验结果表明,DnaReSM探测算法能有效挖掘DNA重复序列. .挖掘DNA重复序列成为DNA序列分析的关键.自底向上的挖掘算法中间过程产生很多短的、甚至单字符的模式,使得挖掘效率降低;另一方面,目前序列模式挖掘算法在多序列挖掘中表现出高效性,但由于单支持度定义的局限导致无法在挖掘过程中同时找到单务DNA序列中的重复序列,因此不能很好地适用于DNA重复序列挖掘.本文基于新的多支持度序列模式挖掘框架,提出了 种融合自底向上和自项向下策略挖掘DNA重复序列的新算法DnaReSM,其结果为生物学相关实验提供基础.实验结果表明,DnaReSM探测算法能有效挖掘DNA重复序列. .挖掘DNA重复序列成为DNA序列分析的关键.自底向上的挖掘算

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈越	复旦大学计算机与信息技术系	18	74	6.0	7.0
2	朱扬勇	复旦大学计算机与信息技术系	91	3435	25.0	58.0
3	熊赟	复旦大学计算机与信息技术系	26	277	7.0	16.0