采用rDNA测序的方法鉴定1株祖菲无绿藻碳水化合物变种

• 作者: 代亚玲 何晓丹 冉玉平 刘素玲 张东兴
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 祖菲无绿藻碳水化合物变种 测序 鉴定
• 年，卷（期）: 2007,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 656-660
• 页数: 5页
• 分类号: Q949.21
• 字数: 565字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2007.07.006

摘要

目的 鉴定1株由脑膜炎患者分离的无绿藻菌株.方法 常规的形态学、生化方法及扩增相关基因序列进行菌种鉴定.选用真菌通用引物扩增核糖RNA(rRNA)28S大亚基(LSU)、核糖体内转录间区(ITS)DNA;真核细胞特异性引物及无绿藻种属特异性引物扩增核糖体18S小亚基(SSU)DNA.序列结果用BLAST软件分析(网址:www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST).比对一致性在99%以上的菌株,作为正确的鉴定结果.结果 该菌在25℃、37℃均可生长,沙堡弱培养基(SDA)、马铃薯培养基(PDA)见光滑湿润的白色酵母样菌落,镜下圆形、椭圆形的孢子及裂殖成圆形或不规则形的内孢子,无菌丝、子囊、芽孢,根据形态学特征鉴定为无绿藻.API 20C AUX鉴定系统提示与威克汉姆无绿藻的一致性为2.9%.核酸序列分析显示核糖体内转录间区(ITS)DNA可能存在复杂结构,不适合无绿藻的测序鉴定;但核糖体大亚基(LSU)及小亚基(SSU)DNA序列分析,与祖菲无绿藻碳水化合物变种(Prototheca zopfii var.hydrocarbonea)一致性分别为94%、99.9%.结论 形态学是菌种鉴定基础,形态学结合核酸序列分析的方法,可使该临床罕见菌株,鉴定至种的水平.在所选择的基因序列中,18S SSU rDNA比28S LSU rDNA序列分析,更有利于该临床分离株的鉴定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冉玉平	四川大学华西医院皮肤性病科	188	763	12.0	18.0
2	代亚玲	四川大学华西医院皮肤性病科	52	264	10.0	12.0
3	刘素玲	四川大学华西医院皮肤性病科	3	6	2.0	2.0
4	何晓丹	四川大学华西医院皮肤性病科	10	31	4.0	4.0
5	张东兴	四川大学华西医院皮肤性病科	3	8	2.0	2.0