基于LZ复杂性距离的蛋白质三维结构比较

• 作者: 何红波 李义兵 李斌
• 来源期刊: 高技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 蛋白质三维结构 结构比较 LZ复杂性距离 接触图
• 年，卷（期）: 2007,（7）
• 所属期刊栏目: 资源环境与生物技术
• 页码范围: 742-748
• 页数: 7页
• 分类号: Q5
• 字数: 5389字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1002-0470.2007.07.016

摘要

基于LZ复杂性距离提出了一种非比对的蛋白质三维结构比较方法.该方法以蛋白质结构单元间的条件LZ复杂性为特征参数,根据条件LZ复杂性计算LZ复杂性距离来作为蛋白质三维结构(不)相似程度的定量刻画.该方法可在二次多项式的时间限度内计算完成.蛋白质的结构数据采用接触图的表示方式,以避免PDB格式数据中的非结构信息和不同坐标系对结构比较的影响.以真实的蛋白质三维结构数据所组成的5个数据集为实例,基于LZ复杂性距离对各数据集中的蛋白质单链进行了结构聚类.聚类的结果符合各蛋白质单链在传统的结构分类数据库中的分类,表明论文提出的方法能够有效地对蛋白质三维结构进行定量比较.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李义兵	中南大学信息科学与工程学院	50	408	12.0	17.0
5	李斌	中南大学信息科学与工程学院	144	1053	18.0	27.0
6	何红波	中南大学信息科学与工程学院	30	124	7.0	10.0