氨基酸描述子VHSEH用于多肽定量序效建模研究

• 作者: 吕凤林 吴玉乾 夏之宁 张梅 李志良 杨善彬 梅虎 舒茂
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 氨基酸描述子(VHSEH) 肽 定量序效建模(QSAM) 偏最小二乘法
• 年，卷（期）: 2008,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2213-2217
• 页数: 5页
• 分类号: O629.72|O641
• 字数: 3482字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0251-0790.2008.11.019

摘要

从 20 种天然氨基酸的171个物化性质出发, 按照疏水、立体和电性特征及氢键贡献将其分类后, 分别进行主成分分析, 得到一个新描述子VHSEH(Principal component score vector of hydrophobic, steric, electronic properties and, hydrogen bonds contributions). 对后叶催产素的结构进行了表征, 并以偏最小二乘法及D-优化划分样本建立了PLS定量序效关系模型, 得到复相关系数 R2分别为 0.958 和 0.957, Q2分别为0.903 和 0.845, 约高于VHSE描述子模型值;对抗菌肽进行了结构表征, 建立了PLS和OSC-PLS模型, 其R2分别为 0.84和 0.995, Q2分别为0.546 和 0.926, 较SZOTT描述子结果好;对58 个血管紧张素转化酶抑制剂进行QSAM研究, 得到R2, Q2及RMS分别为0.877, 0.838和0.361. 研究结果表明, VHSEH 描述子信息量大, 物化意义明确, 结果更易解释.