基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点

• 作者: 杨科利 许强
• 来源期刊: 生命科学研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 115-120
• 页数: 6页
• 分类号: Q61
• 字数: 4279字
• 语种: 中文

摘要

基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许强	宝鸡文理学院物理系	32	90	5.0	8.0
2	杨科利	宝鸡文理学院物理系	11	29	4.0	5.0