大肠杆菌E.coli K-12转录因子结合位点的理论预测

• 作者: 李前忠 杨科利 林昊
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性
• 年，卷（期）: 2007,（3）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 117-120
• 页数: 4页
• 分类号: Q61
• 字数: 3323字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2007.03.006

摘要

基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%.对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李前忠	内蒙古大学理工学院物理系	87	366	11.0	15.0
2	林昊	内蒙古大学理工学院物理系	14	79	4.0	8.0
3	杨科利	内蒙古大学理工学院物理系	7	55	3.0	7.0