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有向基因组移位排序算法的比较与评测
有向基因组移位排序算法的比较与评测
作者:
尹晓
朱大铭
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
算法
基因组重组
移位
摘要:
基因组重组是生物进化的一种重要模式.虽然其生物过程非常复杂,但可归结为三种基本操作:移位、反转和转位.移位排序问题要求计算从一个基因组转化为另一个基因组所需的最少移位次数以及相应的移位序列.对于有向基因组移位排序问题,目前有三个多项式时间算法.已有算法在分析偶隔离带时漏掉一种情况,从而导致对某些特殊实例的计算结果是不正确的.通过给出这种特殊情况下找有效移位的方法,用Java语言将三个算法实现为移位排序软件-SG-BT,其计算效率优于现有的移位排序软件CTRD.通过随机产生的实验数据对三个算法的计算性能进行了测试,结果表明,三个算法的计算效率在基因数为0-70000时基本相同,在基因数为80000-100000时才表现出差异,并且随着基因数的增加差异越发明显.通过进一步实验,分析了产生上述结果的原因.最后,用SGBT对人和老鼠的部分基因进行排序并给出排序结果.
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文献信息
篇名
有向基因组移位排序算法的比较与评测
来源期刊
计算机与数字工程
学科
工学
关键词
算法
基因组重组
移位
年,卷(期)
2008,(10)
所属期刊栏目
算法与分析
研究方向
页码范围
30-34,77
页数
6页
分类号
TP301.6
字数
4383字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1672-9722.2008.10.008
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
朱大铭
山东大学计算机科学与技术学院
50
263
11.0
13.0
2
尹晓
山东大学计算机科学与技术学院
6
22
2.0
4.0
传播情况
被引次数趋势
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引文网络
引文网络
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研究主题发展历程
节点文献
算法
基因组重组
移位
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
计算机与数字工程
主办单位:
中国船舶重工集团公司第七0九研究所
出版周期:
月刊
ISSN:
1672-9722
CN:
42-1372/TP
开本:
大16开
出版地:
武汉市东湖新技术开发区凤凰产业园藏龙北路1号
邮发代号:
创刊时间:
1973
语种:
chi
出版文献量(篇)
9945
总下载数(次)
28
总被引数(次)
47579
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